PyMOL

PyMOL, protein, DNA ve küçük moleküllerin yüksek kaliteli 3D görselleştirmesi için kullanılan popüler bir moleküler grafik sistemidir. Yapısal biyoloji, ilaç tasarımı ve biyoinformatik alanlarında akademi ve endüstride yaygın biçimde kullanılır. Windows, macOS ve Linux üzerinde çalışır. Açık kaynak sürümü ücretsizdir; ticari kullanım için lisanslı sürüm mevcuttur.

Temel Özellikler

• Protein ve nükleik asit yapılarını çizgi, şerit, yüzey modunda görselleştirir
• PDB ve MMTF formatlarını destekler
• Yüksek çözünürlüklü görüntü ve animasyon çıktısı üretir
• Python betik diliyle tam kontrol ve otomasyon sağlar
• Ray tracing ile fotogerçekçi moleküler görüntüler oluşturabilir
• Geniş eklenti ekosistemi mevcuttur
• RCSB PDB’den doğrudan yapı indirme ve görüntüleme yapabilir
• Müzakere ve ilaç-hedef etkileşim görselleştirme araçları içerir

PyMOL ücretsiz mi, akademik lisans nasıl alınır?

PyMOL açık kaynak sürümü (Pymol Open-Source) GitHub üzerinden ücretsiz indirilebilir ve kurulabilir. Schrodinger tarafından dağıtılan ticari PyMOL sürümü ek teknik destek ve özellikler sunar. Akademik kullanıcılar üniversite e-posta adresiyle Schrodinger’den indirimli veya ücretsiz lisans talebinde bulunabilir. Açık kaynak sürüm tüm temel görselleştirme işlevlerini karşılamaktadır.

PyMOL ile PDB dosyası nasıl görüntülenir?

PyMOL açıldıktan sonra komut satırına “fetch 1ABC” yazarak (PDB ID ile) yapıyı doğrudan RCSB’den indirebilirsiniz. Yerel PDB dosyası için “load /dosya/yolu/protein.pdb” komutunu kullanın. Görüntüleme modunu değiştirmek için “show cartoon” veya “show surface” gibi komutlar kullanılır. Grafiksel arayüzden sağ tıklama menüleriyle de görüntüleme seçeneklerine erişilebilir.

PyMOL alternatifleri

Moleküler görselleştirme araçları: VMD, UGENE, Biopython.