OpenChrom

OpenChrom, kütle spektrometrisi (MS) ve kromatografi (GC, LC) verilerinin görselleştirilmesi, analizi ve raporlanması için tasarlanmış açık kaynaklı bir yazılımdır. Eclipse RCP altyapısı üzerinde Java ile geliştirilmiştir; kimya, biyokimya ve gıda analizi alanlarında araştırmacılar tarafından kullanılır. Windows, macOS ve Linux üzerinde çalışır; temel sürümü ücretsizdir.

Temel Özellikler

• GC/MS, LC/MS, ICP-MS ve MALDI-MS veri analizi
• 200’den fazla cihaz ve veri formatı desteği
• Pik tespiti, entegrasyon ve spektrum karşılaştırma
• Temel gürültü çıkarma ve filtre araçları
• Kalibrasyon eğrileri ve nicel analiz
• Eklenti sistemiyle genişletilebilir işlev seti
• Batch işleme ile çoklu dosya analizi
• PDF ve CSV formatında raporlama

OpenChrom hangi dosya formatlarını açabilir?

OpenChrom, Agilent (.D, .CH), Shimadzu (.lcd), Waters (MassLynx), Thermo Fisher (RAW), JCAMP-DX, mzML, mzXML, CDF ve daha birçok cihaza özgü formatı destekler. Desteklenen format listesi her sürümde genişler; tam liste program içindeki eklenti yöneticisinde görülebilir. Eğer kullandığınız cihazın formatı desteklenmiyorsa cihaz üreticisinin sağladığı dışa aktarma aracıyla mzML veya CSV formatına çevirerek OpenChrom’a aktarabilirsiniz. Agilent ve Shimadzu formatları için ek eklenti kurulumu gerekebilir.

OpenChrom pik entegrasyon sonuçları doğru çıkmıyor, ne yapmalıyım?

Pik entegrasyonu sorunları genellikle yanlış taban çizgisi tespitinden kaynaklanır. Önce taban çizgisi düzeltme (baseline correction) filtresini doğru parametrelerle uyguladığınızdan emin olun. Pik tespit algoritmasının gürültü eşiği ve minimum pik genişliği değerlerini verinize göre ayarlayın; varsayılan değerler her kromatogram için ideal olmayabilir. Manuel pik düzenleme modunda kenar noktalarını elle belirleyebilirsiniz. Referans bir standart ile hesapladığınız entegrasyon değerlerini karşılaştırarak kalibrasyon katsayılarını gözden geçirin.

OpenChrom alternatifleri

Kromatografi ve spektrometri yazılımı alternatifleri: OpendTect, ObsPy, pandapower.