Jalview

Jalview, Dundee Üniversitesi Barton Grubu tarafından geliştirilen çoklu sekans hizalama editörü ve analizine odaklanan ücretsiz bir biyoinformatik yazılımıdır. Protein ve DNA dizilerinin hizalama, görselleştirme ve filogenetik analizi için yaygın olarak kullanılır. Windows, macOS ve Linux üzerinde çalışır. GPL-3.0 lisansıyla tamamen açık kaynaklıdır.

Temel Özellikler

• Çoklu sekans hizalamayı görüntüleme ve düzenleme imkânı sunar
• ClustalW, MUSCLE ve MAFFT hizalama araçlarını destekler
• Filogenetik ağaç oluşturma ve görselleştirme yapabilir
• PCA analizi ile dizilim ilişkilerini keşfedebilir
• JMol entegrasyonuyla 3D protein yapısı görüntüleme desteklenir
• EBI ve UniProt veritabanlarıyla doğrudan bağlantı kurabilir
• Renklendirme şemaları ve konservasyon analizi araçları içerir
• GPL-3.0 lisansıyla tamamen ücretsizdir

Jalview ile çoklu sekans hizalaması nasıl yapılır?

Jalview açıldıktan sonra File menüsünden FASTA veya diğer formatlardan sekansları yükleyin. Web Services menüsünden Alignment seçeneğine gidin ve tercih ettiğiniz hizalama aracını (MUSCLE, ClustalW, MAFFT) seçin. İnternet bağlantısıyla EBI web servisleri üzerinden hizalama yapılır; sonuç Jalview penceresinde renklendirilmiş hizalama olarak görüntülenir. Hizalama FASTA veya ClustalW formatında dışa aktarılabilir.

Jalview hangi dosya formatlarını destekler?

Jalview; FASTA, ClustalW ALN, MSF, PFAM, PIR, Stockholm ve BLC formatlarını okuyabilir ve yazabilir. UniProt ve PDB kayıtlarını doğrudan kimlik numarasıyla çekme imkânı da mevcuttur. Filogenetik ağaç için Newick formatı desteklenmektedir. Çeşitli hizalama araçlarının çıktılarıyla uyumlu olması araştırma iş akışına kolay entegrasyon sağlar.

Jalview alternatifleri

Biyoinformatik dizi analiz araçları: UGENE, Biopython, PyMOL.