Cytoscape

Cytoscape, biyolojik ağları görselleştirme ve analiz etme amacıyla geliştirilmiş ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılım platformudur. Protein-protein etkileşimleri, gen düzenleme ağları ve metabolik yolaklar gibi karmaşık biyolojik sistemleri görsel olarak keşfetmek için araştırmacılar tarafından yaygın biçimde kullanılır. Windows, macOS ve Linux üzerinde çalışır. LGPL-2.1 lisansıyla tamamen ücretsizdir.

Temel Özellikler

• Protein-protein etkileşim ağı görselleştirme imkânı sunar
• 500 üzerinde uygulama (app) ile genişletilebilir yapı sağlar
• STRING ve BioGRID gibi veritabanlarıyla doğrudan entegrasyon mevcuttur
• NetworkAnalyzer ile ağ istatistikleri hesaplanabilir
• SIF, GML, XGMML ve GraphML formatlarını destekler
• Yüksek çözünürlüklü ağ görseli dışa aktarma yapabilir
• Ağ topluluklarını tespit etme ve düğüm önem analizi araçları içerir
• LGPL-2.1 lisansıyla tamamen açık kaynaklıdır

Cytoscape ile protein etkileşim ağı nasıl görselleştirilir?

Cytoscape açıldıktan sonra File menüsünden ağ verisi yükleyin; SIF, CSV veya GraphML formatı kullanılabilir. Alternatif olarak StringApp veya BioGRID uygulamasını yükleyerek doğrudan veritabanından ağ çekilebilir. Ağ yüklendikten sonra layout algoritması seçin (Prefuse Force Directed, yCircular vb.). Düğüm ve kenar stillerini Style panelinden özelleştirin; gen ekspresyonu veya diğer veriyi renk veya boyutla eşleştirebilirsiniz.

Cytoscape büyük ağları kaldırabilir mi?

Cytoscape, Java tabanlı olduğundan bellek yönetimine dikkat etmek gerekir. Binlerce düğüm ve on binlerce kenar içeren ağlar için JVM belleğini artırmak (vmoptions dosyasından) önerilir. Büyük ağlarda tüm ağı görselleştirmek yerine alt ağ seçimi (subnet) yaparak çalışmak hem performansı hem görsel anlaşılırlığı iyileştirir.

Cytoscape alternatifleri

Biyoinformatik ağ analizi araçları: UGENE, Biopython, Jalview.