Avogadro

Avogadro, hesaplamalı kimya, moleküler modelleme, biyoinformatik ve malzeme bilimi için geliştirilmiş ücretsiz ve açık kaynaklı bir molekül editörü ve görselleştirme aracıdır. 11.000’den fazla akademik yayında kullanılmış ve atıfta bulunulmuştur. Sezgisel 3D molekül oluşturma araçları, GAMESS ve Gaussian gibi hesaplamalı kimya paketleriyle entegrasyon ve CML, PDB, XYZ, SDF format desteği sayesinde hem araştırmacılar hem eğitimciler için güçlü bir araçtır. MMFF94 kuvvet alanı ile gelişmiş kurulum gerektirmeksizin geometri optimizasyonu yapılabilir. Windows, macOS ve Linux’ta ücretsiz çalışır.

Öne Çıkan Özellikler

• 3D molekül oluşturma ve etkileşimli düzenleme
• GAMESS, Gaussian ve MOPAC entegrasyonu
• CML, PDB, XYZ, SDF ve MOL2 format desteği
• MMFF94 kuvvet alanı ile geometri optimizasyonu
• Bağ uzunluğu, açı ve dihedral ölçümü
• Kullanımı kolay sezgisel arayüz
• Eklenti sistemi ile genişletilebilir yapı
• 11.000+ akademik yayında atıfta bulunulan güvenilir araç
• Windows, macOS ve Linux desteği
• Tamamen ücretsiz ve açık kaynak (GPLv2)

Avogadro’da basit bir molekül nasıl çizilir ve optimize edilir?

1. Avogadro’yu açın; sol araç çubuğundan Draw aracını seçin.
2. İstediğiniz elementi seçin ve ekrana tıklayarak atomlar ekleyin.
3. Atomlar arasına tıklayıp sürükleyerek bağ oluşturun.
4. Extensions → Molecular Mechanics → Optimize Geometry ile geometriyi optimize edin.
5. Optimizasyon tamamlandığında 3D denge yapısı ekranda görünür.

Avogadro’da PDB dosyasını nasıl açar ve görselleştiririm?

1. File → Open menüsüyle .pdb dosyasını seçin.
2. Molekül otomatik 3D olarak yüklenir; fare ile döndürüp inceleyin.
3. Ball and Stick veya Van der Waals Spheres görünümünü seçin.
4. View → Properties ile atom özelliklerini inceleyin.
5. File → Export ile PNG olarak kaydedin.

Alternatifler

MeshLab, ImageJ (Fiji), GeoGebra